我撞了营运车但他证件不全，停运损失费要赔吗

需视情况而定，若事故导致营运车停运，可能需赔停运损失费。依据《相关法律法规》，停运损失费是因车辆无法运营而减少的收入，若事故由您造成且对方确有损失，则应赔偿。不及时处理可能导致法律纠纷及额外赔偿。
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视责任判定赔偿。若您全责：主动与对方协商赔偿事宜，包括停运损失费；若您部分责任：按责任比例赔偿；若对方无证运营：报警处理，由交警判定责任，您可能仍需赔偿部分损失，但对方也需承担无证运营责任。每种情况都需保留证据，以便后续处理。
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处理此问题常见方式有协商、调解、诉讼。应先尝试与对方协商，若协商无果可寻求交警或保险公司调解，仍无法解决则可考虑通过法律途径诉讼解决，选择时需考虑效率与成本。